Politika ve aşk temalı eserin konusu şöyle: Genova Düka'sı olan Simon Boccanegra'nın, 25 yıl önce politik rakibi olan Fiesco'nun kızı Marie'den bir kızı dünyaya gelmiştir. Marie, genç yaşta ölmüş ve kızları da ortadan kaybolmuştur. Boccanegra'nın Düka olduğun günden itibaren, Fiesco evlat edindiği kızı Amelia ile takma bir isimle taşrada yaşamaktadır. Amelia, aslında Fiesco'nun torunu ve Boccanegra'nın kızıdır ancak iki adam da bundan haberdar değildir. Fiesco, Amelia'yı sevmediği biriyle evlendirmeye kalkar ancak Boccanegra kızıyla ilgili gerçeği öğrenince kızını gerçek aşkı olan Gabriele ile evlenmeleri yönünde kulis yapmaya başlar. Gabriele ise sürgünde olan Fiesco ile Düka'lığı devirmek üzere plan yapmaktadır ve ikisi de Amelia'nın gerçek kimliğini bilmeden Düka'yı öldürme planlarına devam ederler. Boccanegra, Fiesco'nun arkadaşının verdiği zehirli içkiden dolayı ölmeden hemen önce Gabriela, Amelia'nın gerçek kimliğini öğrenir ve Düka'ya kendisini affetmesi için yalvarır. Müşfik Boccanegra onu bağışlar ve Gabriela ile evliliğini onaylar. Fiesco da gerçeği öğrenir ve Düka'nın ölümü düşmanları da dahil olmak üzere herkesi yasa boğar.